Struktur organisasi merupakan kerangka antara hubungan satuan yang di dalamnya terdapat tugas, tanggung jawab, wewenang, serta mempunyai peranan tertentu dalam lingkungan yang merupakan satu kesatuan yang utuh. Di dalam suatu organisasi terdiri dari berbagai macam orang yang melaksanakan tugasnya masing-masing tentu menginginkan keteraturan dan kedisiplinan dalam berbagai hal. Struktur organisasi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura sebagai berikut :
