Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura dikembangkan dari Akademi Keuangan dan Perbankan. Pada saat rencana induk pengembangan memasuki rencana jangka pendek tahun 1999 memiliki sasaran program Akubank akan dikembangkan menjadi dua jurusan sejak tahun 1996 yaitu, Jurusan Keuangan dan Perbankan kemudian ditingkatkan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay seperti yang ada sekarang ini.
Dalam perkembangannya dari tahun 1996 dengan nama Akademi Keuangan dan Perbankan Jayapura yang pada kurun waktu 1996 s/d 2000 dikenal dengan sebutan AKUBANK Jayapura dengan status terdaftar : SK. MENDIKBUD NO. 26/0/0/96 Tanggal 4 Juni 1996 kampus ini berjalan dengan balk hingga berubah nama Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay yang dibuka pada tahun kuliah 1999/2000 sesuai Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 157/D/0/2000 tentang Pembukaan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura yang ditetapkan di Jakarta pada tanggal 18 Agustus 2000. Untuk mengoperasikan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi dimaksud, maka Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia mengeluarkan Surat Keputusdan Nomor : 157/D/0/2000 yang menetapkan pembentukan 2 Peogram Studi baru yakni Program Studi Manajemen dan Program Studi Ekonomi Pembangunan di lingkungan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura dilaksanakan pada hari/tanggal, 3 September 2000 bertempat di ruang gedung BP7 di Jayapura.
STIE Port Numbay Jayapura masih terus melakukan peningkatan pendidikan dengan membuka Program Magister pada tanggal 7 Mei 2013 dengan Program Studi Manajemen.